医学Nanopore全基因组重测序

产品介绍

重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并进一步对个体或群体进行差异性分析。

Nanopore测序借助单个分子通过纳米孔时引起孔两侧电位差来实现信号检测,纳米孔的直径仅允许单个核苷酸聚合物通过,而ATCG四种碱基的带电性质不同,因此通过电信号差异特征即可检测出通过纳米孔的碱基类型,从而实现测序。

技术优势

长读长

理论上Nanopore技术的测序平均读长能够达到几十到上百 Kb,最长读长能达到2 Mb以上级别;由于读长长,有以下优势:

1、直接跨越结构变异?#31995;悖?#21033;于变异(拷贝数变异CNV、插入、缺失、易位和倒位)检测;

2、直接跨越串联重复序列、高GC/AT序列、高度多态性区域、高度同源区域等特殊区域,检测能力大大优于二代测序。

低成本

相比其他三代测序技术,ONT测序样本处理极其简单,无需DNA聚合酶、连?#29992;?#21644;dNTPs,测序价格低;

无需PCR扩增

避免二代测序中PCR扩增可能引入的错误;

可直接读取碱基修饰信息

如DNA甲基化5mC、6mA(详见三代甲基化,此处弄个链接跳到三代甲基化产品界面)等,无须像二代测序需要经过重硫酸盐转化或者免疫沉淀富集实验。

样品要求

不同类型的样品详细要求欢迎来电咨询或联系当地销售。

实验流程

实验流程按照 Oxford Nanopore Technologies(ONT) 公司提供的标准 protocol 执行,包括样?#20998;?#37327;检测、文库构建、文库质量检测和文库测序等流程。

结果展示

9
重测序分析流程图
10
样品结构变异检测

?常见问题

片筛和非片筛文库的区别是什么?

片筛即片段筛选,如果片筛文库则会选择长的DNA片段,因此需要的DNA量要多;非片筛文库即不进行片段筛选的打断文库,即将DNA打断成固定长度。

片筛文库得到的序列相对更长,适用于基因组组装。而非片筛文库得到的read相对较短,适用于重测序或甲基化检测。

重测序一般要测多少数据量?

原则上讲数据量的越多,检测到的结构变异越多越准。由于经费限制推荐至少测15X的数据量,如果是肿瘤等特殊组织建议测15X以上的数据量。具体原因可参考下述链接:

https://mp.weixin.qq.com/s/2hQfOYksbkJaONrPwYhWUw

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